La procedencia de los indios taínos es confusa a los estudiosos de sus costumbres y tradiciones. Sus dioses eran Juracán: dios de la tormenta, y Yuquiyú el dios del bien. Sin embargo, la versión más aceptada es la procedencia suramericana de los taínos.

Estructura sociopolítica
Se dividían en cuatro clases sociales:
los naborias
los nitaínos
los behiques
el cacique
En la estructura sociopolítica, de carácter teocrático-guerrero, el cacique y el bohique representan los poderes sobrenaturales del día y la noche. La palabra cacique, por ejemplo, contiene el morfema ca (de cauni: ‘oro’) porque el cacique representaba el poder solar del dios del fuego; por su parte, bohique tiene sus raíces en boa, coa, o toa, y en la casa rectangular (el bohío), asociada a la mitad serpiente de la tribu, en su ordenamiento con principio de la dualidad.

Los caciques taínos
Los taínos estaban divididos en gran número de cacicazgos de desigual extensión, a veces unos tributarios de otros. El cronista Fernández de Oviedo narra que en La Española había cinco grandes caciques bajo los cuales gobernaban otros de menor importancia. Los caciques taínos recibieron pacíficamente a los conquistadores, al supuestamente considerarles, como otros tantos pueblos de América, dioses llegados del cielo.
Sin embargo, ante el mal trato que recibieron por parte de los recién llegados, los caciques organizaron a sus hombres y repelieron las agresiones que tenían el propósito de someterlos y esclavizarlos. Las modernas armas de los conquistadores (arcabuces, ballestas, cañones), sus petos y armaduras, fueron las claves de una lucha desigual que llevó a la derrota de los caciques taínos. Los taínos denominaban cacique al jefe de una unidad territorial cuyo poder era limitado a un yucayeque, caserío, valle, etc. En la época del arribo de los europeos a América, entre los caciques más importantes de Boriquén (como se llamaba la isla de Puerto Rico) y sus áreas de gobierno estaban: Agüeybana y Guaybaná (Guánica) -dos de los más poderosos de la isla-
Aramaná.

Pueblos:
Arasibo (en Arecibo)
Cacimar (en Vieques)
Caguax (en Caguas)
Canóvanas (en el área del río Grande de Loíza y Rio Cubuy o Cayniabón)
Daguao (en Ceiba)
Guacabo (en Manatí)
Guaraca (en el área del río Guayanés)
Guarionex (en Utuado)
Guamanix (en Guayama)
Jumacao (en Humacao)
Jayuya (en Jayuya)
Yuisa (en Loíza)
Luquillo (en Luquillo)
Mabodomaca (en Guajataca)
Mabó (en Guaynabo)
Majagua (en Bayamón)
Mayagoex (en Mayagüez)
Orocobix (en Orocovis).

Los poblados estaban organizados en claros de la selva, tierra adentro, con dos clases de habitáculos: el bohío que era una vivienda común circular de los habitantes del yucayeque y
el caney que era más grande, rectangular y con ventanas, donde habitaba el cacique con su familia. Estas viviendas se construían con hojas de hinea (que se recoge en ríos y lagos), y maderas de los árboles de capá prieto y canela cimarrona. Para dormir usaban hamacas tejidas de algodón (la palabra hamaca es voz taína).